一般都是以后一个文件为准。来办公司，一般都是首先拟定发起人协议，然后再协议落实公司章程。如果是这样，而且两份文件都没有具体约定的，就是以公司章程为准。但如果发起人协议是公司章程的补充，就应以发起人协议为准。
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一、发起人协议与公司章程区别有哪些
1、发起人协议与公司章程区别有：
（1）必备文件不同。发起人协议不是公司设立的必备性法律文件，但公司章程是必备性文件；
（2）要式文件不同。发起人协议是不要式法律文件，主要根据当事人的意思表示形成；公司章程是要式法律文件，公司章程必须依据相关法律制订，且需经过有关政府部门必要的形式审查甚至实质审查；
（3）法律效力不同。发起人协议只在发起人之间具有法律约束力，公司章程调整的则是所有股东之间等之间产生法律关系。
2、法律依据：《中华人民共和国公司法》第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
二、公司章程的主要内容包括有哪些
公司章程的主要内容包括：
1、绝对必要记载事项。
绝对必要记载事项是每个公司章程必须记载、不可缺少的法定事项，缺少其中任何一项或任何一项记载不合法，整个章程即无效。这些事项包括公司的名称、住所、宗旨、注册资本、财产责任等；
2、相对必要记载事项。
相对记载事项是法律列举规定的一些事项，由章程制订人自行决定是否予以记载。如果予以记载，则该事项将发生法律效力；如果记载违法，则仅该事项无效；如不予记载，也不影响整个章程的效力。
确认相对必要记载的事项，目的在于使相关条款在公司与发起人、公司与认股人、公司与其他第三人之间发生拘束力；
3、任意记载事项。任意记载事项是指法律未予明确规定，是否记载于章程，由章程制订人根据本公司实际情况任意选择记载的事项。
股东会或股东大会认为需要规定的其他事项当属于任意记载事项。